為應西元(以下同)2011 年日本《公文書管理法》施行,東京大學文書館於2014 年成立,其性質即屬大學檔案館,2015 年被指定為日本國立公文書館體系。該館組織有兩大特徵,一是由大學史部門、法人文書部門、電子檔案部門等三部門組成;二是擁有本鄉校區的本館及柏校區的分館等兩個館舍。東京大學文書館的三部門制涵蓋了三大業務:史料編纂與大學史研究(承續其前身東京大學史史料室)、配合《公文書管理法》進行法人文書檔案移交作業,以及支援前兩者的數位化技術開發。而兩個館舍的設置,則可於大學本校區提供便捷的參考諮詢服務,並於近郊校區確保資料的保存空間。
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