在臺灣漫長的威權統治時期（1945年8月15日至1992年11月6日），臺灣警備總司令部是最重要的情治機關之一，自其1992年8月1日裁撤以來，其檔案下落向為社會各界所關注。不論是立法院立法委員質詢、監察院調查、還是促進轉型正義委員會的任務總結報告，均將查找警備總部檔案下落列為重要事項。本研究透過國家發展委員會檔案管理局典藏的國家檔案以及承接臺灣警備總司令部檔案的軍管區司令部之歷年年鑑，掌握目前國家檔案典藏該單位檔案的主要態樣，藉此分析欠缺之檔案類型，並釐清裁撤後檔案銷毀的情形。最後則從過往臺灣警備總司令部的檔案管理方式，嘗試提出其檔案可能的下落。