由於 「機關檔案目錄查詢網」公布之目錄，是各機關依檔案法規定，定期送交本局彙整公布之檔案目錄，檔案實體仍在各檔案管有機關。
故經由機關檔案目錄查詢網查得欲申請應用之機關檔案後，請填具檔案應用申請書（可逕由網路下載列印）並簽名後，得以下列方式分送各檔案管有機關受理。

1. 申請書簽章後，得親自持送、郵寄或傳真。
2. 申請書經申請人以符合電子簽章法第6條規定之憑證簽署者，以電子文件向各機關指定之資訊系統為之。
3. 於各機關網站或其他電子設備所建置之電子表單申請。