為提升檔案保存修護專業技術及國家檔案複製儲存量能，並提供最佳保存環境，以永續典藏國家珍貴資產，本局設置國家檔案保存維護中心，包含4樓紙質檔案修護室、4樓檔案數位化室、4樓檔案描述室、5樓多媒體檔案保存維護室，以及1樓、4樓至9樓國家檔案庫房，辦理國家檔案修護、數位轉製、描述及典藏等作業，每一項典藏作業，皆由各專責團隊通力合作完成，使龐大的典藏系統得以與時俱進地穩健運作。各項典藏作業亦由專業人員依職分工，確保每件檔案得以穩定保存進而有效應用。各空間功能及示意圖如下所示：
- 紙質檔案修護室：本空間主要辦理紙質檔案整理修護作業，並設置專業修護設備。透過紙質檔案修護作業，可妥善保存國家檔案，助益國家珍貴智慧資產之長久保存，並可提供後續數位化、展示或應用之需。
- 檔案數位化室：本空間主要進行國家檔案數位化作業，並設置數位化相關設備。透過檔案數位化作業，可減少檔案原件使用頻率，延長檔案保存壽命，並可便捷檔案之開放應用。
- 檔案描述室：本空間主要辦理檔案描述作業，專業人員依據檔案內容及形式，於目錄欄位著錄案情重點、形式特徵、關聯資訊、管理資訊等，揭示館藏內容及全宗檔案間關聯。良好的檔案描述能提升目錄品質並精確檢索，讓國家檔案查詢應用更加便捷。
- 多媒體檔案保存維護室：本空間主要辦理非紙質類檔案之保存狀況檢視、整飭修護、數位轉製及數位修復等作業，內部空間包含錄影檔案數位化室、錄音檔案數位化室、聲音數位修復室、動態影像數位修復室、劣化檔案檢視修護室、電影片數位化室及大圖翻拍區，並設置各項專業設備。透過檔案修護及數位轉製等作業，不僅妥善保存國家珍貴資產，更能充實國家檔案數位素材資源，進而促進檔案多元應用效益。
